Variation and genetic structure of the endangered Lepus flavigularis (Lagomorpha: Leporidae) / Variación y estructura genética de la liebre en peligro de extinción, Lepus flavigularis (Lagomorpha: Leporidae)

Abstract Lepus flavigularis, is an endemic and endangered species, with only four populations inhabiting Oaxaca, México: Montecillo Santa Cruz, Aguachil, San Francisco del Mar Viejo and Santa María del Mar. Nevertheless, human activities like poaching and land use changes, and the low genetic diversity detected with mitochondrial DNA and allozymes in previous studies, have supported the urgent need of management strategies for this species, and suggest the definition of management units. For this, it is necessary to study the genetic structure with nuclear genes, due to their inheritance and high polymorphism, therefore, the objective of this study was to examine the variation and genetic structure of L. flavigularis using nuclear microsatellites. We sampled four populations of L. flavigularis and a total of 67 jackrabbits were captured by night sampling during the period of 2001 to 2006. We obtained the genomic DNA by the phenol-chloroform-isoamyl alcohol method. To obtain the diversity and genetic structure, seven microsatellites were amplified using the Polymerase Chain Reaction (PCR); the amplifications were visualized through electrophoresis with 10 % polyacrylamide gels, dyed with ethidium bromide. Genetic diversity was determined using the software GenAlEx v. 6.4, and genetic structure was obtained with ARLEQUIN v. 3.1; null alleles were evaluated using the program Micro-Checker v.2.2.2. Additionally, a Bayesian analysis was performed with software STRUCTURE v. 2.2.3., and the isolation by distance (IBD) was studied using the program PASSAGE v.2.0.11.6. Our results showed that the genetic variation found was low ( HO = 0.30, HE = 0.24) when compared to other jackrabbit species. Fixed alleles and moderate levels of genetic differentiation (F ST = 0.18, P = 0.001) were detected among populations, indicating the effect of the genetic drift and limited gene flow. Bayesian clustering analysis revealed two groups: (1) jackrabbits from Montecillo Santa Cruz, and (2) individuals living in Aguachil, San Francisco del Mar Viejo and Santa María del Mar. No evidence was found of isolation by distance. It is possible that the geographic barriers present between populations (e.g. lagoons, human settlements), rather than the geographical distance between them, may explain the observed genetic structure. The inbreeding coefficient was negative ( FIS =-0.27, P = 0.03), indicating genetic sub-structure in populations. We suggest two management units based on the genetically closer populations, which will help define precise conservation actions in L. flavigularis. This research is the basis for defining translocation of individuals between populations, nevertheless, a more extensive future study, with specific molecular markers for L. flavigularis, is required. In addition, it is necessary to analyze the barriers that limit the gene flow, since it is urgent to reduce the genetic differentiation between populations and increase the genetic diversity of this species.

Resumen Lepus flavigularis es una especie endémica y en peligro, con solo cuatro poblaciones ubicadas en Oaxaca, México: Montecillo Santa Cruz, Aguachil, San Francisco del Mar Viejo y Santa María del Mar. Las actividades humanas (e.g. cacería, cambios de uso de suelo) y la baja diversidad genética detectada con ADN mitocondrial y aloenzimas muestran la urgencia de desarrollar estrategias de manejo para esta especie. Para definir unidades de manejo es necesario estudiar la estructura genética con genes nucleares debido a su herencia y alto polimorfismo, por lo tanto, el objetivo de este estudio fue examinar la variación y estructura genética de L. flavigularis con microsatélites nucleares. Se obtuvo el ADN genómico de 67 liebres de las cuatro poblaciones de L. flavigularis, capturadas mediante muestreo nocturno de 2001 a 2006, mediante el método fenol-cloroformo-alcohol isoamílico. Para obtener la diversidad y estructura genética se amplificaron siete microsatélites con la Reacción en Cadena de la Polimerasa (PCR). Las amplificaciones se visualizaron mediante electroforesis con geles de poliacrilamida al 10 %, teñidas con bromuro de etidio. La diversidad genética se determinó con el programa GenAlEx v.6.4, y la estructura genética se obtuvo con el ARLEQUIN v.3.1. Se evaluaron los alelos nulos con el programa Micro-Checker v.2.2.2. Adicionalmente, se realizó un análisis bayesiano con el software STRUCTURE v.2.2.3, y se estudió el aislamiento por distancia (IBD) mediante el programa PASSAGE v.2.0.11.6. La variación genética encontrada fue baja ( HO = 0.30, HE = 0.24) en comparación con otras especies de liebres. Se detectaron alelos fijos y diferenciación genética moderada (F ST = 0.18, P < 0.001) entre las poblaciones, lo que indica el efecto de la deriva genética y flujo genético limitado. El análisis Bayesiano reveló dos grupos: (1) liebres de Montecillo Santa Cruz, e (2) individuos de Aguachil, San Francisco del Mar Viejo y Santa María del Mar. No se detectó evidencia de aislamiento por distancia. Es posible que las barreras geográficas presentes entre las poblaciones (e.g. lagunas, asentamientos humanos), más que la distancia geográfica entre ellas, expliquen la estructura genética observada. El coeficiente de endogamia fue negativo ( FIS =-0.27, P = 0.03), indicando sub-estructura genética en las poblaciones. Sugerimos dos unidades de manejo con base en las poblaciones más cercanas genéticamente, lo que ayudará a definir acciones precisas de conservación en L. flavigularis. Esta investigación es la base para definir la translocación de individuos entre las poblaciones, sin embargo, se requiere un estudio futuro más amplio que incorpore marcadores moleculares específicos para L. flavigularis. Asimismo, es necesario analizar las barreras que limitan el flujo genético, ya que es urgente reducir la diferenciación genética entre poblaciones e incrementar la diversidad genética de esta especie.

Effect of temporal lakes on avifaunal composition at the Southeast of Isthmus of Tehuantepec, Oaxaca, Mexico / Efecto de las lagunas temporales sobre la composición de la avifauna al Sureste del Istmo de Tehuantepec, Oaxaca, México

Oaxaca hosts one of the greatest biodiversity in México, occupying first place in avian diversity compared to other regions of the country. However, the area is undergoing serious problems such as high deforestation rates, soil erosion and over exploitation and extinction of species. These factors have all contributed to the current loss of biodiversity. Also, biological inventories are still incomplete. One of the least explored sites is the semiarid zone of Tehuantepec isthmus, around the locality of Santa Maria del Mar, Oaxaca, México. The area includes floodable grasslands, mangrove areas and dry forest, providing a range of potential habitats for different species. Our objective was to evaluate the effect of temporal lakes on spatial and temporal composition of the avifauna in Santa Maria del Mar, in order to generate information regarding this group within the region and the state, and to understand the importance of flood areas for resident and transitory birds. We conducted 12 avifauna surveys between July 2006 and June 2008, and established two transects of 2km length in each of four habitat types (beach, grassland, dry forest, and mangrove). We found a total of 75 species, corresponding to 16 orders and 30 families. Within an area of 26km², we significantly found 10.1% of the total number of bird species recorded for the entire state, and 6.6% of the total reported in Mexico. The families most represented were: Ardeidae, Laridae and Scolopacidae. Over the entire study period, dry forest was the most diverse habitat; followed by mangrove, grassland and the beach. Of all the species recorded, 38.6% were found at the edge or in the temporal lakes. We found a significant difference in species composition between seasons in the grassland, but no difference in the other habitats. Our results showed a significant effect of temporary lakes on avian diversity during the wet season; it also demonstrated the importance of grassland conservation given its relevance for presence of waterbirds. We suggested a continued and more intense monitoring; and proposed the designation of the area as an important Conservation Bird Area (AiCA).

Oaxaca alberga una biodiversidad de las más grandes en México, ocupando el primer lugar en diversidad de aves si se le compara con otras regiones del país. Sin embargo, el área sufre serios problemas tales como altas tasas de deforestación, erosión de suelo y sobre explotación y extinción de especies. Todos estos factores han contribuido con la actual pérdida de diversidad biológica. Además, los inventarios biológicos aún están incompletos. Una de las zonas menos exploradas es la parte semiárida del istmo de Tehuantepec, en los alrededores de la localidad de Santa María del Mar, Oaxaca, México. El área incluye pastizales inundables, áreas de manglar y de selva seca, y provee de una gama de hábitat potenciales para diversas especies. Nuestro objetivo fue evaluar el efecto de las lagunas temporales en la composición espacial y temporal de la avifauna en Santa María del Mar, con el propósito de generar información relacionada con este grupo dentro de la región y del estado, además de comprender la importancia de las áreas inundables para las aves residentes y migratorias. Entre julio 2006 y junio 2008 realizamos 12 monitoreos de la avifauna, y establecimos dos transectos de 2km de longitud para cada uno de los cuatro tipos de hábitat (playa, pastizal, selva seca y manglar). Encontramos un total de 75 especies, correspondendiendo a 16 órdenes y 30 familias. Dentro de un área de 26km², de manera significativa registramos el 10.1% del total de aves registradas para todo el estado y el 6.6% del total de especies registradas para México. Las familias mejor representadas fueron: Ardeidae, Laridae y Scolopacidae. Para todo el periodo de estudio, la selva seca fue el hábitat más diverso, seguido por el manglar, el pastizal abierto y la playa. Del total de especies registradas, el 38.6% se encontraron en el borde o dentro de lagunas temporales. Encontramos una diferencia significativa en la composición de especies entre temporadas en el pastizal, pero no se encontró diferencia entre el resto de los hábitat. Nuestros resultados muestran un efecto significativo de las lagunas temporales sobre la diversidad de la avifauna durante la temporada lluviosa; también evidencian la importancia de la conservación de los pastizales, dada su relevancia para la presencia de aves acuáticas. Sugerimos realizar un monitoreo continuo e intensivo, y proponemos que la zona sea designada como un área de importancia para la Conservación de las Aves (AiCA).

Basic ecology of the Oaxacan Spiny-tailed Iguana Ctenosaura oaxacana (Squamata: Iguanidae), in Oaxaca, Mexico

The Oaxacan Spiny-tailed Iguana Ctenosaura oaxacana is a restricted species to the Isthmus of Tehuantepec in Southern Oaxaca, Mexico. This reptile is one of the less known iguanid species. We censustracked a population in the South of Niltepec, Oaxaca, Mexico from May 2010 to April 2011. Throughout one year, a total of 10 line transects were situated and recorded in the study area to determine relative abundance and density, and habitat type use (dry forest, Nanchal, grassland, riparian vegetation, and mangrove) by the species. This study reports a new C. oaxacana population on the Southeastern limit of species range. Although this species has a very restricted distribution and is in danger of extinction, C. oaxacana has a high population density when compared to other Ctenosaura species. A total of 108 individuals were recorded throughout the study. Dry forest (33.75ind/ha) and Nanchal (18.75ind/ha) were the habitats with higher densities. Comparisons between habitat types showed no significant differences between dry forest and Nanchal (W=15, p=0.0808). Results between seasons were similar. The Oaxacan Spiny tailed Iguana preferred first the dry forest, and then Nanchal, while avoided grassland, riparian vegetation, and mangroves. There was no difference in habitat use between males and females. Mean perch heights were 1.23±0.32 (n=30) in Nanchal, 2.11±0.30 (n=9) in grassland, 1.90±0.56 (n=54) in dry forest, 1.91±0.28 (n=9) in mangrove and 2.30±0.37 (n=6) in riparian vegetation. Species observed as refuge and perch were B. crassifolia (Nanchal); C. alata (grassland); Tabebuia sp., Genipa americana, G. sepium, Acacia sp., Ficus sp. and Haematoxylon sp. (dry forest); G. sepium, Acacia sp. and Guazuma ulmifolia (riparian vegetation); and C. erecta (mangrove). Live trees hollows and branches were used by species. Main threats to the species are excessive hunting and habitat loss. Furthermore, grassland fires are still common in the study ...

La Iguana de Cola Espinosa Ctenosaura oaxacana es una especie restringida al Istmo de Tehuantepec en el Sureste de Oaxaca, México. Este reptil es uno de los iguánidos menos conocidos. Entre Mayo 2010 y Abril 2011 hicimos el seguimiento de una población al Sur de Niltepec, Oaxaca, México. A lo largo de un año, se colocaron y monitorearon un total de diez transectos en el área de estudio, para determinar la abundancia relativa, densidad y uso de hábitat (selva seca, Nanchal, pastizal, vegetación riparia y manglar) de la especie. Esta investigación reporta una nueva población de C. oaxacana en el límite sureste de la distribución conocida para la especie. Aunque esta especie posee una distribución muy restringida y se encuentra en peligro de extinción, C. oaxacana presenta una alta densidad poblacional comparada con otras especies de Ctenosaura. Se registró un total de 108 individuos a lo largo del estudio. La selva seca (33.75ind/ha) y el Nanchal (18.75ind/ha) fueron los hábitats con densidad más alta. No se encontró diferencia significativa entre la selva seca y el Nanchal (W=15, p=0.0808). Al comparar entre estaciones el resultado fue similar. La Iguana de Cola Espinosa prefirió la selva seca y después al Nanchal, mientras que evitó el pastizal, la vegetación riparia y el manglar. No se registró diferencia en el uso de hábitat entre machos y hembras. La altura media de las perchas fue 1.23±0.32 (n=30) en Nanchal, 2.11±0.30 (n=9) en pastizal, 1.90±0.56 (n=54) en selva baja, 1.91±0.28 (n=9) en manglar y 2.30±0.37 (n=6) en vegetación riparia. Las especies observadas como refugio y percha fueron B. crassifolia (Nanchal); C. alata (pastizal); Tabebuia sp., Genipa americana, G. sepium, Acacia sp., Ficus sp. y Haematoxylon sp. (selva seca); G. sepium, Acacia sp. y Guazuma ulmifolia (vegetación riparia); y C. erecta (manglar). La especie utilizó agujeros y ramas de árboles vivos. Las principales amenazas para la especie son la cacería excesiva y la pérdida de hábitat. Además, la quema de pastizales sigue siendo común en el área de estudio durante la temporada seca, lo que puede resultar en la pérdida de hábitat y el desplazamiento territorial de los individuos.

Estudio de reservorios silvestres del Trypanosoma cruzi en la reserva ecológica de El Zapotal, Chiapas, México / Study of Trypanosoma cruzi in wild reservoirs in the ecological reserve of El Zapotal, Chiapas, Mexico

Reservoirs of T. cruzi were studied in the ecological reserve "El Zapotal", in the Tuxtla Gutiérrez municipality located in the state of Cchiapas. the parasite transmissión cycle exists in that area. A totral of 73 specimens of B different mammal species were trapped alive. Xenodiagnosis tests showed that 11% of them were positive for T. cruzi. Blood concentration exam, blood culture, serology (CIEP) and histological exam were carried out in 65 specimens fromthe total captured T. cruzi positive results in these tests were 1.5, 3.6 and 6.2% respectively. None of the 73 specimens were positive in the histological ewxams. Amastigote nests were found in cardiac tissue of mice, which were inoculated with triatomine bugs dejections collected from those specimens used from xenodiagnosis testing or by the inoculation of parasites grown in axenic blood cultures. These results indicated that there is a sylvan cycle which is maintained by mammal species, which are plundering this geographic area